Notre histoire continue après le bal de fin d’années. Bien que Haninozuka et Morinozuka ne sont plus au lycée, ils continuent malgré tout à venir à Ouran durant les activités du club afin de charmer les demoiselles de l’établissement, qui sont sur un petit nuage. Le secret de Haruhi est toujours bien gardé et personne ne se doute de rien quant à sa véritable identité. Personne n’a changé ses vieilles habitudes, Honey s’empiffre toujours de gâteaux à longueur de journée, les frère Hitachiin continuent d’embêter Tamaki, qui reste toujours fidèle à lui-même, tout comme Mori.

Tout pourrait donc aller merveilleusement bien dans le meilleur des mondes. Si toutefois quelques nouveaux élèves peu recommandables n’étaient pas arrivés mettre le souk dans notre club d’hôte préféré. Ils semblent vouloir faire cesser les activités du club par tous les moyens et mettre le "bordel" comme disent les prolétaires dans le lycée. Le train-train quotidien des élèves se voit chamboulé et les hôtes eux-mêmes ont du mal à se repérer. Haruhi réussira-t-elle à garder son secret cette fois-ci encore?